日本實行命令檢查以來，各烤鰻廠為了保證烤鰻的安全，加強了對原料及成品的檢測力度，並且反覆多次抽樣，力求檢測結果萬無一失，抽樣檢測的程序為：加工廠派員駐場抽樣自檢──養鰻場向當地CIQ提出供貨申請──當地CIQ派員進場抽樣──原料進廠吊養──加工廠再次抽樣自檢（CIQ派員進廠再次抽樣）－加工廠成品抽樣自檢－CIQ派員進廠成品抽樣檢測。
烤鰻廠在與“一對一”養鰻場簽訂購貨合同後，即派員進場抽樣，每口池抽取5尾送廠自檢，同時派員駐場監控。有時為了慎重起見，在第一次檢測合格後，進行第二次抽樣檢測。檢測結果出來後，養鰻場即向當地CIQ機構提出供貨申請，當地CIQ派員進場抽樣，每口池抽取5尾送CIQ檢測中心檢測。加工廠將原料運回工廠後按池號分開吊養，同時每口池再抽取5尾自檢。如果加工廠與養鰻場不屬於同一個CIQ的管理部門，加工廠所在的CIQ管理部門將派員進廠對原料抽樣，每口池取5尾送CIQ檢測中心檢測。原料加工成成品後，加工廠對成品進行抽樣自檢，CIQ也派員進廠對成品抽樣，送CIQ檢測中心檢測。經過這樣多次反覆抽檢，保證了烤鰻出口的安全，但加工廠也為此花了不少的費用。不算儀器的購置、工作人員的工資、樣品等費用，平均每口池藥品費一項：加工廠每一次自檢就要開銷200元左右，送CIQ檢測中心檢測的費用，原料送檢一次就要付檢測費2,500元左右，成品檢測費550左右，這樣，一口池從原料到成品、檢測費用就要花費3,650-6,350元，按每口精養池出池鰻魚4.5噸計算，儀檢測費用就要增加烤鰻成本1,200-2,000元/噸，目前絕大部份養鰻場都很配合抽樣，但也有個別鰻場議為取樣太多，每口池只免費提供3尾樣品，多抽的樣品有償提供（每尾按10-15元計價）。其實加工廠將原料運回工廠後，所抽樣樣品的尾數還比養鰻場的多，並且，加工廠的藥殘方面所承擔的風險也遠比養鰻場大的多。因此，請養鰻場充分體諒加工廠的苦衷，在抽樣方面予以積極配合（取材自中國鰻業資訊）。
