針蟲
針蟲係屬於甲殼類生物之一種，形如錨狀乃有錨蟲之稱，其幼生仍營浮游生活，於變成成蟲後即將其頭部穿入寄宿主的容易寄生體組織中，成蟲長達二公分以上，像樹根寄植於魚體組織中，吸取寄宿主營養，且影響其活動使其衰弱而死。鰻魚體表經常分泌有一層粘液，較不易被寄生，所以就通常易於寄生於口腔、鰓蓋邊緣或胸鰭、背鰭等處，尤以寄生於口腔者，嚴重時有達數十甚至成百以上之成蟲密插其中，使其口腔失去了開閉索餌的功能，若未能有效驅除，常難免一死。由於針蟲成蟲好像生根深植入於寄宿主之組織中，不易自行脫落，要不損及寄宿主而加以殺除幾乎不可能，的確是種相當麻煩而嚴重之病蟲害。針蟲在13℃以下低水溫時期就無繁殖能力，必須以越冬卵的狀態過冬，通常到了水溫昇高到14℃以上，其越冬卵就會開始孵化繁殖出幼蟲，隨著溫度愈高繁殖愈快，到了35℃以上高溫期，其繁殖從幼生至成蟲之過程只需一個星期左右。
赤鰭病
此病是種細菌性的病害，為Aeromonas
hydrophila或Aermonas
punctata細菌所侵襲而發，病魚的外觀病狀為其腎鰭、胸鰭及其基部、腹部肛門等處有赤血斑出現，稱赤鰭病。病情嚴重時腹部有嚴重之赤血斑，肛門會鬆大，體驅皮膚還有壞死的出現，甚至開始腐爛潰瘍而死。此病周年都有病例的發現，不過在春秋間溫度較不穩定的高溫轉變期容易發生，尤其在春夏交界鰻魚活動進入旺盛的時候，過量的給鉺或投給品質較差飼料，或長期間給予鮮度不良的飼料就容易發生，雖其確實的原因迄未完全肯定，略知給與鉺料及飼育不當導致影響其體力，而發生消化器機能的障害，進而影響到肝臟等內臟諸器官引起發炎充血的狀態。所以，此病之防治方法對於魚池環境的淨潔平常就加予注意，同時購放鰻種特別注重選購健全者，切勿貪放應予控制適量的收養量，並能選給適量品質良好之餌料及注意酌量添加維他命E等營養劑，務求維護鰻魚的健康，料可減低其病害之發生。
水生菌病
此病亦有叫做水黴菌病，在本省通稱為生棉仔病，是種藻菌類的病原菌（Saprolegniles）所侵襲而發，此種病菌在淡水中極易發生繁殖，無論動植物骸有機體都易為寄生的對象外，部份亦能寄生於其他生物體，其形狀為灰白色，略可長至1~3公分長的菌絲體，粘集於寄宿主之體表等容易繁生擴展處，如棉花樣的增殖，其病菌繁殖之適溫為5~22℃，對於高溫就漸不適，到32.5℃以上就幾乎繁殖之可能，因此像在本省亞熱帶的地方，只有極短暫之低溫時期才能發生，不致像日本那樣每年都遭到相當嚴重之病害。本病害之感染殆為發生於不健康之體弱者或有破傷壞死之組織，所以在鰻線捕獲損傷或在冬季時期進行清池、捕獲處理不當受損後均易引發此病，故其防治方法，在基本上當然需平時努力養成健康鰻外，對於低溫時期之清池捕獲處理應特別小心處理避免有損傷的發生，如發現破傷受損時，不妨以百分之一鹽分濃度的鹽水加以蓄養一個星期左右，當可制水生菌之侵害。
氣泡病
此病係起因於池水溶氧量過高，或抽用地下水未經曝氣而含過多的氮氣時亦會發生，通常在全無生物之下，水中之溶氧量是隨著其溫度變化而有一定的飽和度，然池中通常有各種生物之影響環境，隨時多有相當大之變化。由於養鰻池在尺為的給鉺飼養中必然會有許多有機質體存在，而被分解利用易於繁殖出很多之植物性浮游生物，由於植物性浮游生物受著光線的同化作用吸收二氧化碳造成氧氣，使池水之溶存氧能異常增加，通常在濃密的植物性浮游生物在晴天的強光照射之情形下，其含氧量常高達其態飽和量的200~300%以上。而抽用地下水之含該氣量愈淺水井愈少，愈深愈多，所以在抽用深井水未經曝氣直接用以蓄養魚類時，蓄養魚不多久就會搖搖擺擺漂浮到水面，腹脹如鼓，甚至有眼球突出向之現象。發生氣泡病的用水含氮量通常達到常態之120~130%以上，在養鰻當中最易得此病害者為養成鰻線階段，愈小型愈無抵抗力，不過此病只在氧或氮過度不適時發生，由於過度的氣體存在致使鰻魚頭部及各鰭等體表產生許多的氣泡而影響到其正常之活動，所以只要能及時察覺及加以處置並不致引起太大的災害。此病之防除對策，當然對於池水過濃密度之植物性浮游生物之繁殖應隨時注意適予沖淡新水或以攪水機加予強制曝氣，就不會使其高到會發生病情之程度，而地下水含氮過多只要經過適當的曝氣後再使用即可解決。
爛節病
此病是種微胞子蟲Plistophora
anguillaniem的原生動物寄生於鰻體筋肉組織中而發，其病患都在小、中鰻，通常於養成鰻苗中放養密度過高，無法及時清池分養致成育較差體弱者愈易罹患，且在溫度愈高之環境下其發生的可能性愈大。病鰻初期在外表用肉眼觀察略可看出稍有白霧色的斑部，其病態進入筋肉潰瘍後就會出現明顯的乳白色班節，可用手指觸摸出不滑的感覺，最後其潰瘍部份之筋肉組織爛成為膿狀質漸而消失，形成不規則的凹凸狀之明顯特徵，故有凹凸病之稱，如菜豆樣的起伏狀故有人稱為菜豆病。病鰻初期食欲未減，隨著病情的進展雖食欲稍為減退但仍有相當之索食能力，不致於迅速的死亡，不過此病迄目前尚無適妥之治療方法。由於病鰻筋肉漸次潰爛消失、體弱而死，致使死後不會有浮屍，以往有些業者以看不到其浮屍認為換個環境就會自癒，貪便宜而竟購養此種病鰻，結果終歸慘敗。對於購放鰻苗應小心觀察避免購進感染者，同時飼養中鰻苗池水色不要維持過濃，儘量維護池水清潔，並能及時清池分養，避免過密度的收養，萬一病患發生，發現稍有病徵應該立即加予清池，將所有病鰻捕獲廢棄燒毀避免蔓延。
爛鰓、爛尾病
爛鰓、尾病同樣一種粘液性細菌Chondrococcus
columnaris的感染所引起的病害，過去在完全利用下雜魚鉺料飼養時未曾發現，日本於鰻魚人工飼料開發推廣，至（1966年）即初次在靜岡縣發現其病例，本省亦隨著人工配合飼料之開發用已甚普遍發生此病害。此病害在其鰓部內面，發病當初如無特別注意是不易察覺，通常等到鰻魚活動減低、體力較差發生斃死才予捕獲檢查，如用手指壓迫鰓蓋會有帶血或污黃色的粘液流出，已確定其罹患。如經予切開鰓蓋常可發現有色的細菌聚落或能看到其鰓弁先端已有潰爛缺損之現象，病害更嚴重者，由於其鰓弁不斷的流血致使鰓弁原來的紅血色就漸變為淺桃紅色，通常鰓弁之缺損從低面之第四鰓開始後漸轉爛到第三而到表面全葉，最後會引發到爛尾之表面病徵，病體已進入相當嚴重之程度。在從鰻線養成到100尾公斤之程度很少有病例的發生，不過在養成鰻苗完全利用人工飼料者，通常在其成長優良群到了六月以後高水溫時都會有患此病之可能。
