针虫
针虫系属于甲壳类生物之一种，形如锚状乃有锚虫之称，其幼生仍营浮游生活，于变成成虫后即将其头部穿入寄宿主的容易寄生体组织中，成虫长达二公分以上，像树根寄植于鱼体组织中，吸取寄宿主营养，且影响其活动使其衰弱而死。鳗鱼体表经常分泌有一层粘液，较不易被寄生，所以就通常易于寄生于口腔、鳃盖边缘或胸鳍、背鳍等处，尤以寄生于口腔者，严重时有达数十甚至成百以上之成虫密插其中，使其口腔失去了开闭索饵的功能，若未能有效驱除，常难免一死。由于针虫成虫好像生根深植入于寄宿主之组织中，不易自行脱落，要不损及寄宿主而加以杀除几乎不可能，的确是种相当麻烦而严重之病虫害。针虫在13℃以下低水温时期就无繁殖能力，必须以越冬卵的状态过冬，通常到了水温升高到14℃以上，其越冬卵就会开始孵化繁殖出幼虫，随着温度愈高繁殖愈快，到了35℃以上高温期，其繁殖从幼生至成虫之过程只需一个星期左右。
赤鳍病
此病是种细菌性的病害，为Aeromonas
hydrophila或Aermonas
punctata细菌所侵袭而发，病鱼的外观病状为其肾鳍、胸鳍及其基部、腹部肛门等处有赤血斑出现，称赤鳍病。病情严重时腹部有严重之赤血斑，肛门会松大，体驱皮肤还有坏死的出现，甚至开始腐烂溃疡而死。此病周年都有病例的发现，不过在春秋间温度较不稳定的高温转变期容易发生，尤其在春夏交界鳗鱼活动进入旺盛的时候，过量的给铒或投给品质较差饲料，或长期间给予鲜度不良的饲料就容易发生，虽其确实的原因迄未完全肯定，略知给与铒料及饲育不当导致影响其体力，而发生消化器机能的障害，进而影响到肝脏等内脏诸器官引起发炎充血的状态。所以，此病之防治方法对于鱼池环境的净洁平常就加予注意，同时购放鳗种特别注重选购健全者，切勿贪放应予控制适量的收养量，并能选给适量品质良好之饵料及注意酌量添加维他命E等营养剂，务求维护鳗鱼的健康，料可减低其病害之发生。
水生菌病
此病亦有叫做水霉菌病，在本省通称为生棉仔病，是种藻菌类的病原菌（Saprolegniles）所侵袭而发，此种病菌在淡水中极易发生繁殖，无论动植物骸有机体都易为寄生的对象外，部份亦能寄生于其他生物体，其形状为灰白色，略可长至1~3公分长的菌丝体，粘集于寄宿主之体表等容易繁生扩展处，如棉花样的增殖，其病菌繁殖之适温为5~22℃，对于高温就渐不适，到32.5℃以上就几乎繁殖之可能，因此像在本省亚热带的地方，只有极短暂之低温时期才能发生，不致像日本那样每年都遭到相当严重之病害。本病害之感染殆为发生于不健康之体弱者或有破伤坏死之组织，所以在鳗线捕获损伤或在冬季时期进行清池、捕获处理不当受损后均易引发此病，故其防治方法，在基本上当然需平时努力养成健康鳗外，对于低温时期之清池捕获处理应特别小心处理避免有损伤的发生，如发现破伤受损时，不妨以百分之一盐分浓度的盐水加以蓄养一个星期左右，当可制水生菌之侵害。
气泡病
此病系起因于池水溶氧量过高，或抽用地下水未经曝气而含过多的氮气时亦会发生，通常在全无生物之下，水中之溶氧量是随着其温度变化而有一定的饱和度，然池中通常有各种生物之影响环境，随时多有相当大之变化。由于养鳗池在尺为的给铒饲养中必然会有许多有机质体存在，而被分解利用易于繁殖出很多之植物性浮游生物，由于植物性浮游生物受着光线的同化作用吸收二氧化碳造成氧气，使池水之溶存氧能异常增加，通常在浓密的植物性浮游生物在晴天的强光照射之情形下，其含氧量常高达其态饱和量的200~300%以上。而抽用地下水之含该气量愈浅水井愈少，愈深愈多，所以在抽用深井水未经曝气直接用以蓄养鱼类时，蓄养鱼不多久就会摇摇摆摆漂浮到水面，腹胀如鼓，甚至有眼球突出向之现象。发生气泡病的用水含氮量通常达到常态之120~130%以上，在养鳗当中最易得此病害者为养成鳗线阶段，愈小型愈无抵抗力，不过此病只在氧或氮过度不适时发生，由于过度的气体存在致使鳗鱼头部及各鳍等体表产生许多的气泡而影响到其正常之活动，所以只要能及时察觉及加以处置并不致引起太大的灾害。此病之防除对策，当然对于池水过浓密度之植物性浮游生物之繁殖应随时注意适予冲淡新水或以搅水机加予强制曝气，就不会使其高到会发生病情之程度，而地下水含氮过多只要经过适当的曝气后再使用即可解决。
烂节病
此病是种微胞子虫Plistophora
anguillaniem的原生动物寄生于鳗体筋肉组织中而发，其病患都在小、中鳗，通常于养成鳗苗中放养密度过高，无法及时清池分养致成育较差体弱者愈易罹患，且在温度愈高之环境下其发生的可能性愈大。病鳗初期在外表用肉眼观察略可看出稍有白雾色的斑部，其病态进入筋肉溃疡后就会出现明显的乳白色班节，可用手指触摸出不滑的感觉，最后其溃疡部份之筋肉组织烂成为脓状质渐而消失，形成不规则的凹凸状之明显特徵，故有凹凸病之称，如菜豆样的起伏状故有人称为菜豆病。病鳗初期食欲未减，随着病情的进展虽食欲稍为减退但仍有相当之索食能力，不致于迅速的死亡，不过此病迄目前尚无适妥之治疗方法。由于病鳗筋肉渐次溃烂消失、体弱而死，致使死后不会有浮尸，以往有些业者以看不到其浮尸认为换个环境就会自愈，贪便宜而竟购养此种病鳗，结果终归惨败。对于购放鳗苗应小心观察避免购进感染者，同时饲养中鳗苗池水色不要维持过浓，尽量维护池水清洁，并能及时清池分养，避免过密度的收养，万一病患发生，发现稍有病徵应该立即加予清池，将所有病鳗捕获废弃烧毁避免蔓延。
烂鳃、烂尾病
烂鳃、尾病同样一种粘液性细菌Chondrococcus
columnaris的感染所引起的病害，过去在完全利用下杂鱼铒料饲养时未曾发现，日本于鳗鱼人工饲料开发推广，至（1966年）即初次在静冈县发现其病例，本省亦随着人工配合饲料之开发用已甚普遍发生此病害。此病害在其鳃部内面，发病当初如无特别注意是不易察觉，通常等到鳗鱼活动减低、体力较差发生毙死才予捕获检查，如用手指压迫鳃盖会有带血或污黄色的粘液流出，已确定其罹患。如经予切开鳃盖常可发现有色的细菌聚落或能看到其鳃弁先端已有溃烂缺损之现象，病害更严重者，由于其鳃弁不断的流血致使鳃弁原来的红血色就渐变为浅桃红色，通常鳃弁之缺损从低面之第四鳃开始后渐转烂到第三而到表面全叶，最后会引发到烂尾之表面病徵，病体已进入相当严重之程度。在从鳗线养成到100尾公斤之程度很少有病例的发生，不过在养成鳗苗完全利用人工饲料者，通常在其成长优良群到了六月以后高水温时都会有患此病之可能。
