日本实行命令检查以来，各烤鳗厂为了保证烤鳗的安全，加强了对原料及成品的检测力度，并且反覆多次抽样，力求检测结果万无一失，抽样检测的程序为：加工厂派员驻场抽样自检──养鳗场向当地CIQ提出供货申请──当地CIQ派员进场抽样──原料进厂吊养──加工厂再次抽样自检（CIQ派员进厂再次抽样）－加工厂成品抽样自检－CIQ派员进厂成品抽样检测。
烤鳗厂在与“一对一”养鳗场签订购货合同后，即派员进场抽样，每口池抽取5尾送厂自检，同时派员驻场监控。有时为了慎重起见，在第一次检测合格后，进行第二次抽样检测。检测结果出来后，养鳗场即向当地CIQ机构提出供货申请，当地CIQ派员进场抽样，每口池抽取5尾送CIQ检测中心检测。加工厂将原料运回工厂后按池号分开吊养，同时每口池再抽取5尾自检。如果加工厂与养鳗场不属于同一个CIQ的管理部门，加工厂所在的CIQ管理部门将派员进厂对原料抽样，每口池取5尾送CIQ检测中心检测。原料加工成成品后，加工厂对成品进行抽样自检，CIQ也派员进厂对成品抽样，送CIQ检测中心检测。经过这样多次反覆抽检，保证了烤鳗出口的安全，但加工厂也为此花了不少的费用。不算仪器的购置、工作人员的工资、样品等费用，平均每口池药品费一项：加工厂每一次自检就要开销200元左右，送CIQ检测中心检测的费用，原料送检一次就要付检测费2,500元左右，成品检测费550左右，这样，一口池从原料到成品、检测费用就要花费3,650-6,350元，按每口精养池出池鳗鱼4.5吨计算，仪检测费用就要增加烤鳗成本1,200-2,000元/吨，目前绝大部份养鳗场都很配合抽样，但也有个别鳗场议为取样太多，每口池只免费提供3尾样品，多抽的样品有偿提供（每尾按10-15元计价）。其实加工厂将原料运回工厂后，所抽样样品的尾数还比养鳗场的多，并且，加工厂的药残方面所承担的风险也远比养鳗场大的多。因此，请养鳗场充分体谅加工厂的苦衷，在抽样方面予以积极配合（取材自中国鳗业资讯）。
